Il protagonista è un ragazzino di 10 anni che abita a Biancavilla, un fittizio paesino nel mondo dei Pokémon. Egli sogna di diventare il più grande allenatore di Pokémon del mondo e un giorno, mentre si sta inoltrando in un campo di erba alta fuori dal suo paese, viene fermato dal Professor Oak, che gli dà la possibilità di scegliere un Pokémon tutto suo, per viaggiare nella regione di Kanto senza correre pericoli. Anche il nipote di Oak, amico di infanzia del protagonista, sceglie un Pokémon tutto suo. Oak dà ai due giovani un Pokédex, dove è possibile registrare elettronicamente ogni Pokémon incontrato e successivamente li lascia andare. I due giovani si separano fin da subito e durante l'avventura dimostrano enormi capacità di combattimento coi loro compagni tascabili, battendo tutte le palestre della regione di Kanto, combattendo coraggiosamente la banda criminale del Team Rocket e successivamente sconfiggendo i Superquattro della Lega Pokémon (gli allenatori più potenti della regione), nella quale alla fine i due rivali si batteranno per lo scontro finale. Il protagonista vince la sfida e si ritira dai combattimenti, per impegnarsi a completare il Pokédex. Dopo averlo completato, riceve un diploma da un tizio ad Azzurropoli, che certifica il suo incredibile successo come allenatore e ricercatore.